L'an 791. Les mages de Fairy Tail sont revenus de l'île Tenrou sains et saufs, ont réintégré leur guilde, s'empressant de redorer son blason. En deux ans, elle est redevenue ce qu'elle était autrefois, elle qui était considérée comme une des meilleures guildes de Fiore à retrouvé sa fierté. Cependant, leur retour n'a pas été sans conséquences…

Le chant d'une nouvelle ère s'est élevé entre temps, porté par Zeref, le plus grand mage noir que la terre ai connu. Réveillé par Grimoire-Heart, il se cache à présent dans une terre inconnue, que seuls les fidèles qu'il a rallié connaissent et peuvent atteindre. Acnologia, son Dragon, vole toujours à travers le monde, semant la peur et le chaos lorsque son maître le décide. Sans compter que nous n'avons encore aucune nouvelle des autres Dragons disparus.

Zeref à appelé ses mages à se soulever, et, poussés par leur désir de revanche et leur soif de sang, rassurés par le retour de leur maître, ils ont reformé leurs guildes noires qui luttent contre les forces de la paix et les guildes officielles. Portant l'étendard du mage noir, elles détruisent, pillent et saccagent en son nom. Le monde n'est plus en sécurité et le conseil à du mal à gérer ce flot malsain qui s'abat sur Earthland et l'engloutit de plus en plus. Les guildes officielles ont besoin de nouveaux mages prêts à lutter pour la liberté. La guerre est imminente et seule l'amitié pourra vaincre le mal. Les guildes du Royaume de Fiore ont déjà pensé à l'idée d'une coalition qui se réalisera certainement lorsque l'heure sera venue. De plus un accès magique à été formé avec Edoras, ce qui a permis aux membres de la guilde d'Edo Fairy Tail de descendre à Earthland, tout comme il est maintenant possible d'y aller.